Il n'y a pas énormément de significations possible en fait :
-> La première c'est qu'il est contrarié et nerveux par rapport au fait que vous touchiez ses affaires. Dans ce cas, c'est juste que ton loulou est bien territorial comme il faut

.
-> La deuxième, c'est qu'il veut de l'attention. Généralement mon lapin vient gratter mon bras ou mes jambes lorsque je travaille pour avoir des caresses et des câlins. La preuve en est que dès que je le caresse, il se détend totalement et s'allonge de tout son long.
-> La troisième, c'est que son instinct le pousse à gratter (et oui, nos lapins sont du style à gratter et à creuser dans la nature et nos pinous de compagnie n'ont pas perdu ce trait de caractère

).
Donc à toi de voir, personnellement, j'hésite entre la première et la deuxième explication. Si il grogne en même temps qu'il gratte sur vos bras, c'est dans le but de dire qu'il faut arrêter de l'énerver comme ça.