Il y'a deux "types" de coup de nez.
Le premier est celui justement qu'ils te font quand tu mets ta main dans leurs clapiers. Souvent assez fort (par rapport à l'autre type j'entend), il permet, comme tu le dis, d'exprimer le fait que tu les déranges.
Le deuxième type est également un coup de nez, mais un peu moins fort, qui signifie "joues avec moi".
Donc tout dépend de ta situation. Dans le premier cas, c'est effectivement pour dire que tu les déranges, dans le deuxième c'est pour exprimer de l'affection
(je ne le fais pas pour qu'ils comprennent que je ne leur veux rien de mal..).