Ma lapine avait aussi un (tout petit) début de pododermatite.
Ça c'est rapidement calmé, le tout est surtout de diversifier les sols auxquels ta lapine aura accès.
Je ne pense pas qu'il faille restreindre sa liberté, mais lui proposer plusieurs matières différentes.
Tout d'abord, il faudrait vérifier que le sol de son coin sieste soit bien confortable (les plaids en polaires sont très bien ou les tapis de bain également).
Et après, si elle se met en position "poule", ou assise, souvent à certains endroits, là il faut que ce soit très moelleux car c'est quand elle est sur ses talons que c'est le plus irritant.
Ton tapis, s'il est à poil ras peux chauffer le dessous des pattes, mais s'il est à poils plus longs et souples, ça va.
Essaie de voir ses endroits préférés et propose lui différents sols pour trouver que ce qu'elle aime.
Voici le lien sur Marguerite, tous les différents sols et revêtements sont décrits avec leurs avantages et inconvénients :
http://www.margueritecie.com/sols.php