Je vais répondre point par point à tes questions :
En premier lieu, la vendeuse t'a bien dit n'importe quoi malheureusement. Les copeaux sont toxiques et peuvent endommager les voies respiratoires des lapins. Tu as donc bien fait de changer pour un bac à litière.
Ensuite en ce qui concerne le fait qu'elle ne veuille plus aller dans sa cage, c'est tout à fait normal. Les lapins prennent vite le pli d'être en liberté et la cage, bien que représente son territoire, est nettement plus petit qu'une pièce entière. En somme, c'est comme si du jour au lendemain tu passais d'un simple appartement de 15 mètres carrés à une maison de 300 mètres carrés, retournerai-tu dans ton appartement si tu avais le choix ? la réponse est évidemment non. Et bien c'est la même chose pour ta lapine

Pour régler ce problèmes, il n'y a pas énormément de solutions qui marchent malheureusement. Le but du jeu est soit de lui offrir un nouvel habitat (grand enclos par exemple), soit de la rentrer dans sa cage en l'attirant avec des granules par exemple. Il existe quelques techniques qui ont la réputation de calmer les lapins comme mettre un drap sur sa cage par exemple, histoire d'installer une ambiance tamisée qui marche plutôt bien (mais encore une fois, tout dépend du lapin).
Pour la propreté, c'est une autre histoire.
Est ce qu'elle a un coin repos dans sa cage ?
Je ne le répéterai jamais assez sur ce forum (

) mais le schéma classique d'une cage est fait de cette manière :
-> Un coin repos avec une serviette, un coussin ou autre.
-> Un coin repas où elle a ses gamelles à disposition.
-> Un coin toilette avec son bac à litière.
La propreté s'apprend au fil des jours voir des semaines. Il faut qu'elle assimile le fait de faire ses besoins dans ce bac comme un geste agréable, n'hésites donc pas à la récompenser via des bouts de pommes par exemple lorsqu'elle les fait dedans. Il faut également que tu remettes ses crottes dans son bac à litière, c'est un impératif afin qu'elle comprenne.
**Edit de la modération : Titre du sujet non explicite**